黄 品正
上海市
Summary
兴趣驱动一切，熟能生巧。
Overview
3
3
years of professional experience
7
7
years of post-secondary education
4
4
Certifications
Work History
Bioinformatics Scientist
益杰立科（上海）生物科技有限公司
07.2022 - Current
- 基于蛋白质结构相似性寻找结构相似但序列不同的替代蛋白
- 负责构建基于转录组测序(RNAseq)以及全基因组甲基化测序(WGBS)的数据分析流程，并完成对应下游数据的个性化数据分析(高胆固醇血症，HBV，CART)，包括靶向位点额编辑效率评估以及全基因组上的脱靶评估等。
- 基于mmseq等工具从微生物基因组序列中寻找新Cas蛋白等基因编辑相关工具元件。
- 基于scanpy和Seurat等工具包负责并完成包含30个来自原位，癌旁，转移等不同位置的胸腺瘤样本的scRNA-seq数据分析。
- 负责并完成基于RNA-seq,WGBS，CUT&Tag多组学交叉的基因编辑脱靶评估。
- 负责并完成基于HBV基因组序列设计sgRNA文库并筛选可涵盖绝大部分基因组的sgRNA用于导向工具编辑。
Education
硕士 - 生物医学工程
上海理工大学
09.2019 - 06.2022
学士 - 生物医学工程
中北大学
09.2015 - 07.2019
Skills
- R、python、Linux等编程技能
- 基于scanpy 和 Seurat的scRNA-seq分析
- 蛋白质大语言模型(Alphafold2, ProteinMPNN, ESM2 等)
- RNA-seq, WGBS, CUT & Tag数据分析
- TCGA, GEO, CRI iAtlas, UCSC Xena, cBioProtal, ICGC等公众肿瘤数据挖掘
- 肿瘤预后模型
- 基于R的图表生成与美化，illustrator图片编辑
- HBV基因组覆盖率的sgRNA文库设计
Personal Information
Date of Birth: 08/30/1997
Certification
CET-6, 503
Social Media
微信公众号 ：生信指北（3712关注，47篇内容）
Publications
- Huang PinZheng, Xu L, Jin M, et al., Construction and Validation of a Tumor Microenvironment-Based Scoring System to Evaluate Prognosis and Response to Immune Checkpoint Inhibitor Therapy in Lung Adenocarcinoma Patients, Genes, 2022, 13, 6, 951
- Yuan T, Wu L, Li S, Zheng J, Li N, X X, Zhang H, Fei T, Xie L, Zuo Z, Huang Pinzheng et al., Deep learning models incorporating endogenous factors beyond DNA sequences improve the prediction accuracy of base editing outcomes, Cell Discovery, 2024, 10, 1, 20
- Ni Gao , Shaoshuai Mao , xiao Ji , Pinzheng Huang, et al., Off-target DNA Demethylation Induced by Epigenetic Editing Tools and Its Elimination by an Encapsulation Strategy, Nature Chemical Biology Submitted
- Jiang S, Wu L, Li Y, Wang Y, Li Z, Huang Pinzheng et al., Efficient and durable epigenetic multi-gene silencing of human primary T cells for immune therapy, Nature, Submitted
- Peng W, Zhao J, Wu L, Mao S, Wu D, Liu J, Wang Y, Sun J, Sun D, Lv R, Huang Pinzheng et al., Efficient and heritable elimination of HBV viruses in vivo by epigenome editing, Nature, Revised
Patents
黄钢,黄品正,聂生东, 基于肿瘤微环境相关基因集的预后风险评估方法和设备, CN202311869695.2, 04/05/24, 上海市
Timeline
Bioinformatics Scientist
益杰立科（上海）生物科技有限公司
07.2022 - Current
硕士 - 生物医学工程
上海理工大学
09.2019 - 06.2022
学士 - 生物医学工程
中北大学
09.2015 - 07.2019
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